バイオインフォマティクス│ＳＫＪブログ

2020-09-07
2020-09-07

【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない？RでWGCNA解析 -Part3-モジュール検出

Part1では正規化などのデータの前処理、Part2ではネットワークの構築とデンドログラムの作成を行ってきました！今回はWGCNAで最も重要なパートであるモジュール検出を行います！モジュール検出は自分で設定しなければならないパラメータが多くあり、解析者によって得られる結果が大きく異なります。です […]

2020-08-19
2021-09-23

【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない？RでWGCNA解析 -Part2-ネットワーク構築

前回のPart1ではrawデータのダウンロードから正規化を行い、サンプルと遺伝子フィルタリングまでを行いました。今回はいよいよメインのWGCNAによるネットワーク構築をしていきます！このPartのコードは以下のチュートリアルを参考にしています。 Tutorial for the W […]

2020-08-14
2020-08-26

【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない？RでWGCNA解析 -Part1-前処理

WGCNAの説明今回はそんな強力な手法であるWGCNAを使って実際にマイクロアレイのデータ解析をやってみました！本ページに出てくるコードはすべてGithubにありますのでぜひご使用ください。解析の概要チュートリアルをそのままやるだけでは面白みに欠けると思ったのでGEOから全身性エ […]

2020-01-05
2020-04-19

PythonでNCBIの情報を取得！NCBI API利用方法まとめ

NCBIの情報を取得するウェブアプリを作成した際に勉強したNCBIのAPIの利用方法をご紹介したいと思います！ APIとは？ APIとはアプリケーションプログラミングインタフェースの略で，プログラムを通して外部から機能を呼び出すことのできるシステムのことを言います！例えばTwitterのAPIではツ […]

2019-11-11
2020-04-19

【R】トランスクリプトーム解析のためのGO解析まとめ

RにはGene Ontology (GO)解析やGene Set Enrichment Analysis (GSEA)を行うためのパッケージがいくつもあります．「どのパッケージを選んだらいいのか分からない…」という方もいらっしゃるかと思います．実際私がそうでした！この記事ではRのG […]

2019-11-04
2020-08-26

【R】KEGGとReactomeによるパスウェイエンリッチメント解析

clusterProfilerを用いた KEGGパスウェイ解析 ReactomePA を用いたReactomeパスウェイ解析この記事でご紹介するのは上記の二つです！clusterProfilerとReactomePA はどちらもRのパッケージです． RNA-seq解析やマイクロアレイ解析では発現が […]