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バイオインフォマティクス

  • 2020-09-07
  • 2020-09-07

【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない?RでWGCNA解析 -Part3-モジュール検出

Part1では正規化などのデータの前処理、Part2ではネットワークの構築とデンドログラムの作成を行ってきました! 今回はWGCNAで最も重要なパートであるモジュール検出を行います! モジュール検出は自分で設定しなければならないパラメータが多くあり、解析者によって得られる結果が大きく異なります。です […]

  • 2020-08-14
  • 2020-08-26

【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない?RでWGCNA解析 -Part1-前処理

WGCNAの説明   今回はそんな強力な手法であるWGCNAを使って実際にマイクロアレイのデータ解析をやってみました!本ページに出てくるコードはすべてGithubにありますのでぜひご使用ください。 解析の概要 チュートリアルをそのままやるだけでは面白みに欠けると思ったのでGEOから全身性エ […]

  • 2020-01-05
  • 2020-04-19

PythonでNCBIの情報を取得!NCBI API利用方法まとめ

NCBIの情報を取得するウェブアプリを作成した際に勉強したNCBIのAPIの利用方法をご紹介したいと思います! APIとは? APIとはアプリケーションプログラミングインタフェースの略で,プログラムを通して外部から機能を呼び出すことのできるシステムのことを言います!例えばTwitterのAPIではツ […]