- 2023-01-22
【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない?RでWGCNA解析 -Part3-モジュール検出
Part1では正規化などのデータの前処理、Part2ではネットワークの構築とデンドログラムの作成を行ってきました! 今回はWGCNAで最も重要なパートであるモジュール検出を行います! モジュール検出は自分で設定しなければならないパラメータが多くあり、解析者によって得られる結果が大きく異なります。です […]
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前回のPart1ではrawデータのダウンロードから正規化を行い、サンプルと遺伝子フィルタリングまでを行いました。 今回はいよいよメインのWGCNAによるネットワーク構築をしていきます! このPartのコードは以下のチュートリアルを参考にしています。 Tutorial for the WGCNA pa […]
Weighted Gene Coexpression Network Analysis (WGCNA)は遺伝子発現量の相関を利用して、互いによく似た発現変動をする遺伝子同士のクラスターを発見する手法です! WGCNAは単純にクラスターを見つけるだけではありません! それぞれのクラスターの中で中心的な […]