- 2023-01-22
【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない？RでWGCNA解析 -Part3-モジュール検出
Part1では正規化などのデータの前処理、Part2ではネットワークの構築とデンドログラムの作成を行ってきました！ 今回はWGCNAで最も重要なパートであるモジュール検出を行います！ モジュール検出は自分で設定しなければならないパラメータが多くあり、解析者によって得られる結果が大きく異なります。です […]
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WGCNA
- 2023-01-27
【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない？RでWGCNA解析 -Part2-ネットワーク構築
前回のPart1ではrawデータのダウンロードから正規化を行い、サンプルと遺伝子フィルタリングまでを行いました。 今回はいよいよメインのWGCNAによるネットワーク構築をしていきます！ このPartのコードは以下のチュートリアルを参考にしています。 Tutorial for the WGCNA pa […]
- 2023-01-27
【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない？RでWGCNA解析 -Part1-前処理
Weighted Gene Coexpression Network Analysis (WGCNA)は遺伝子発現量の相関を利用して、互いによく似た発現変動をする遺伝子同士のクラスターを発見する手法です！ WGCNAは単純にクラスターを見つけるだけではありません！ それぞれのクラスターの中で中心的な […]