- 2023-01-27
【RNA-seq解析】よく使われるファイル形式まとめ！【FASTQ, BAM, SAM, SRA, GTF, GFF, BED】
はじめに RNA-seq解析では本当にたくさんのファイル形式を扱うことになります！ どのファイルフォーマットがどんなデータを保存していて、どんな形式で記載されていて、この列は何を意味しているのかを把握するのは本当に大変で、私も忘れるたびにいちいち調べていました。。。 この記事ではRNA-seq解析で […]
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Bioinformatics
- 2023-01-20
深層学習モデルで分子ドッキング！GNINAの概要
今回は深層学習モデルでドッキングの性能を向上させたと話題のGNINAについてです！ 最近使用する機会があって、すごく使用感が良かったのでぜひご紹介したいと思います！ 紹介する内容は以下の論文をベースにしています！ McNutt, A.T., Francoeur, P., Aggarwal, R. e […]
- 2023-01-22
【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない？RでWGCNA解析 -Part3-モジュール検出
Part1では正規化などのデータの前処理、Part2ではネットワークの構築とデンドログラムの作成を行ってきました！ 今回はWGCNAで最も重要なパートであるモジュール検出を行います！ モジュール検出は自分で設定しなければならないパラメータが多くあり、解析者によって得られる結果が大きく異なります。です […]
- 2023-01-27
【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない？RでWGCNA解析 -Part2-ネットワーク構築
前回のPart1ではrawデータのダウンロードから正規化を行い、サンプルと遺伝子フィルタリングまでを行いました。 今回はいよいよメインのWGCNAによるネットワーク構築をしていきます！ このPartのコードは以下のチュートリアルを参考にしています。 Tutorial for the WGCNA pa […]
- 2023-01-27
【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない？RでWGCNA解析 -Part1-前処理
Weighted Gene Coexpression Network Analysis (WGCNA)は遺伝子発現量の相関を利用して、互いによく似た発現変動をする遺伝子同士のクラスターを発見する手法です！ WGCNAは単純にクラスターを見つけるだけではありません！ それぞれのクラスターの中で中心的な […]
- 2020-04-19
PythonでNCBIの情報を取得！NCBI API利用方法まとめ
NCBIの情報を取得するウェブアプリを作成した際に勉強したNCBIのAPIの利用方法をご紹介したいと思います！ APIとは？ APIとはアプリケーションプログラミングインタフェースの略で，プログラムを通して外部から機能を呼び出すことのできるシステムのことを言います！例えばTwitterのAPIではツ […]
- 2023-01-20
【R】トランスクリプトーム解析のためのGO解析まとめ
RにはGene Ontology (GO)解析やGene Set Enrichment Analysis (GSEA)を行うためのパッケージがいくつもあります． 「どのパッケージを選んだらいいのか分からない…」 という方もいらっしゃるかと思います．実際私がそうでした！ この記事ではRのG […]
- 2023-01-27
【R】KEGGとReactomeによるパスウェイエンリッチメント解析
clusterProfilerを用いた KEGGパスウェイ解析 ReactomePA を用いたReactomeパスウェイ解析 この記事でご紹介するのは上記の二つです！clusterProfilerとReactomePA はどちらもRのパッケージです． RNA-seq解析やマイクロアレイ解析では発現が […]