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R

  • 2020-10-01
  • 2020-10-01

【R】ggplotとdendextendできれいなデンドログラムを描く!

デンドログラムって見た目のカスタマイズがすごく難しいですよね。。。R標準のplotだとダサいし、かと言ってggplot2で描こうとするとあまりにも難しいし。。。 そこで今回は見た目のカスタマイズがすごく簡単にできて、さらにggplotによる細かい調整も可能な方法を紹介します! それがggplotとd […]

  • 2020-09-07
  • 2020-09-07

【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない?RでWGCNA解析 -Part3-モジュール検出

Part1では正規化などのデータの前処理、Part2ではネットワークの構築とデンドログラムの作成を行ってきました! 今回はWGCNAで最も重要なパートであるモジュール検出を行います! モジュール検出は自分で設定しなければならないパラメータが多くあり、解析者によって得られる結果が大きく異なります。です […]

  • 2020-08-14
  • 2020-08-26

【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない?RでWGCNA解析 -Part1-前処理

WGCNAの説明   今回はそんな強力な手法であるWGCNAを使って実際にマイクロアレイのデータ解析をやってみました!本ページに出てくるコードはすべてGithubにありますのでぜひご使用ください。 解析の概要 チュートリアルをそのままやるだけでは面白みに欠けると思ったのでGEOから全身性エ […]