バイオインフォマティクスを身近に!

製薬企業バイオインフォマティシャンの技術ブログ

  • 2021-06-07
  • 2021-06-20

Python】Optunaパッケージの紹介!PostgresDBを使った並列分散処理で高速化!【Optuna】

前回はOptunaを使った簡単な例の最適化とニューラルネットワークの最適化を行ってみました! Optunaの凄さは前回だけでも十分伝わったと思うのですが、実はOptunaの本領はPostgressDBなどをバックエンドに使用したとき発揮されます! PostgressDBをOptunaと一緒に使うと以 […]

  • 2021-06-07
  • 2021-06-07

【Python】ハイパーパラメータ調整でlightgbmやニューラルネットワークの最適化!Optunaパッケージの紹介!【Optuna】

ニューラルネットワークやLightgbmでモデルを作成する際に最も時間のかかるのはハイパーパラメータの調整ではないでしょうか? 最適なものを得ることができればそれだけでモデルの性能をぐんと上げることができる一方で、その最適な値を探索するのはすごく苦労する作業です。。。 今回はそんな面倒だけどとても重 […]

  • 2020-10-24
  • 2021-06-07

【Python】Kaggleで引っ張りだこ!lightgbmの2種類の使い方!Training APIとScikit-learn API!【lightgbm】

Kaggleに挑戦したことのある方はKernelsでlightgbmを使用したものを見ることが多いと思います! lighthbmは計算速度も速い、予測精度も高い、さらに決定木をベースにしたアルゴリズムのため前処理もほとんど必要ないという三拍子揃っためちゃくちゃ強力なモデルです! Kaggleなどのコ […]

  • 2020-10-01
  • 2020-10-01

【R】ggplotとdendextendできれいなデンドログラムを描く!

デンドログラムって見た目のカスタマイズがすごく難しいですよね。。。R標準のplotだとダサいし、かと言ってggplot2で描こうとするとあまりにも難しいし。。。 そこで今回は見た目のカスタマイズがすごく簡単にできて、さらにggplotによる細かい調整も可能な方法を紹介します! それがggplotとd […]

  • 2020-09-07
  • 2020-09-07

【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない?RでWGCNA解析 -Part3-モジュール検出

Part1では正規化などのデータの前処理、Part2ではネットワークの構築とデンドログラムの作成を行ってきました! 今回はWGCNAで最も重要なパートであるモジュール検出を行います! モジュール検出は自分で設定しなければならないパラメータが多くあり、解析者によって得られる結果が大きく異なります。です […]

  • 2020-08-14
  • 2020-08-26

【WGCNA】DEG解析じゃ満足できない?RでWGCNA解析 -Part1-前処理

WGCNAの説明   今回はそんな強力な手法であるWGCNAを使って実際にマイクロアレイのデータ解析をやってみました!本ページに出てくるコードはすべてGithubにありますのでぜひご使用ください。 解析の概要 チュートリアルをそのままやるだけでは面白みに欠けると思ったのでGEOから全身性エ […]

  • 2020-01-05
  • 2020-04-19

PythonでNCBIの情報を取得!NCBI API利用方法まとめ

NCBIの情報を取得するウェブアプリを作成した際に勉強したNCBIのAPIの利用方法をご紹介したいと思います! APIとは? APIとはアプリケーションプログラミングインタフェースの略で,プログラムを通して外部から機能を呼び出すことのできるシステムのことを言います!例えばTwitterのAPIではツ […]