- 2023-01-27
【RNA-seq解析】よく使われるファイル形式まとめ!【FASTQ, BAM, SAM, SRA, GTF, GFF, BED】
はじめに RNA-seq解析では本当にたくさんのファイル形式を扱うことになります! どのファイルフォーマットがどんなデータを保存していて、どんな形式で記載されていて、この列は何を意味しているのかを把握するのは本当に大変で、私も忘れるたびにいちいち調べていました。。。 この記事ではRNA-seq解析で […]
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はじめに こんにちは! 今回は伝わりやすい研究発表スライドの作成のためのコツをまとめてみました! この記事ではシンプルで可読性が高く、見ている人に伝わりやすいデザインの作り方をまとめています! スライドの作り方やデザインは「センスが良くないとできない」と思っている方もおられると思いますが、これだけは […]
今回は深層学習モデルでドッキングの性能を向上させたと話題のGNINAについてです! 最近使用する機会があって、すごく使用感が良かったのでぜひご紹介したいと思います! 紹介する内容は以下の論文をベースにしています! McNutt, A.T., Francoeur, P., Aggarwal, R. e […]
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tensorflowにはSequential API, Functional API, Subclassing APIと3つの書き方があります! この中でSequential API, Functional APIは比較的わかりやすくて初めてTensorflowを触る方でもすぐにモデルを構築すること […]
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Part1では正規化などのデータの前処理、Part2ではネットワークの構築とデンドログラムの作成を行ってきました! 今回はWGCNAで最も重要なパートであるモジュール検出を行います! モジュール検出は自分で設定しなければならないパラメータが多くあり、解析者によって得られる結果が大きく異なります。です […]